单细胞测序平台致力于打造高质量的研发服务平台，为承担国家重大科研任务的研究团队，提供优质稳定的单细胞转录组、单细胞表观组与空间转录组相结合的多组学技术平台。平台已建立在多物种（鼠、人、非人灵长类）多器官（脑、血管、胚胎、皮肤、类器官)上基于脑图谱精准定位，从活体动物、新鲜/冷冻/石蜡包埋组织、类器官、培养细胞等获取多组学数据的制样测序全流程服务，可以提供的核心服务包括：基于脑图谱定位的脑组织包埋切片取样、单细胞悬液/核样本制备、单细胞转录组及单细胞ATAC制样建库、空间转录组新鲜/石蜡样本制样建库、样品质控、核酸片段质控及单细胞（核）流式分选富集检测、高通量二代测序、纳米孔三代测序等。平台能够为用户提供一站式全流程服务，涵盖实验方案设计、样本前处理、文库制备、质控分选、高通量测序及数据交付。平台已经在多物种多组织样本中获得了稳定优质的数据结果。针对首次合作的团队或新物种、新组织样本，我们提供免费测试和样本前处理培训。
平台技术服务：
1、单细胞（核）悬液样本制备：高质量的单细胞（核）悬液是单细胞测序成功的首要前提与核心保障。本平台依托丰富的样本处理经验和标准化的操作体系，致力于为各类复杂样本（包括但不限于新鲜组织、冻存组织、石蜡包埋组织、血液、培养细胞、类器官等）提供定制化、高活性、高纯度的单细胞/单细胞核悬液制备服务。
2、样本质量检测：RNA完整性是决定单细胞测序数据质量的关键前置因素。本平台配备先进的全自动核酸电泳分析仪（Agilent 4200 TapeStation），可对待测样本进行严格的RNA完整性指数（RIN）检测，从源头把控数据质量，确保下游单细胞测序文库构建的成功率与可靠性。
3、样本流式分选：流式细胞分选（FACS，Fluorescence-Activated Cell Sorting）是单细胞测序前处理的关键技术之一，特定细胞类型的精准捕获是解析组织异质性的关键。通过高速、精准地将目标细胞亚群从异质性细胞悬液中分离出来，实现对特定细胞类型的富集，为下游单细胞测序提供高质量、高纯度的细胞样本。本平台配备先进的流式细胞分选仪，可提供从方案设计、样本染色到分选收集的全流程服务，可开展稀有细胞研究、特定亚群解析及复杂样本处理。同时对于冻存组织、神经元等难以解离成完整活细胞的样本，本平台建立了稳定、高效、可回收的流式分选细胞核技术体系，为单细胞核测序（snRNA-seq）及空间转录组辅助分析提供了关键的技术支撑。
4、单细胞（核）转录组液滴生成及文库制备：液滴生成与文库制备是单细胞测序流程中的核心技术环节，前者实现单细胞的分隔与标记，后者将微量核酸信息转化为可测序的文库分子。平台使用MGI-TAIM4-V3.0系列微流控平台，采用单细胞3' /5’ RNA-seq技术，基于磁珠引物尾部设计polyT碱基，捕获mRNA polyA特异性互补配对，并完成细胞的分离标记，制备多细胞混合的文库。
5、单细胞ATAC液滴生成及文库制备：单细胞ATAC测序（scATAC-seq）是在单细胞分辨率下研究染色质可及性的核心技术，通过识别开放染色质区域，揭示基因调控元件活性、转录因子结合位点及表观遗传异质性，平台使用MGI-TAIM4-V3.0微流控平台，基于转座酶的染色质可及性检测技术，利用转座酶可以随机转座到细胞核内染色质的开放区域，并加上接头、扩增建库，通过测序获得整个基因组内染色质开放区域的DNA序列，平台可提供稳定、高效、高通量的单细胞ATAC液滴生成及文库构建服务。
6、空间转录组新鲜样本制样及文库制备：空间转录组测序是在组织原位解析基因表达空间分布的前沿技术，能够同时获得组织形态学信息与全转录组表达谱，揭示细胞在组织微环境中的空间定位与功能状态。平台使用中国团队自主研发的Stereo-seq（时空组学）V1.3技术，结合高通量空间转录组制样建库自动化设备，具有超高分辨率、超大捕获视野、高通量与高灵敏度等优势；该管线可灵活选择ssDNA或H&E染色，满足多样化的研究需求。
7、空间转录组石蜡样本制样及文库制备：平台使用的空间转录组Stereo-seq-FFPE技术，针对石蜡包埋（Formalin Fixed Paraffin Embedded，FFPE）样本，由于该类型样本存在较高mRNA降解可能性，该技术进行了针对性的优化并使用了随机探针方案来提高基因捕获效率，即使是RIN值较低的样本也可成功制样。由于随机探针不受Poly A的限制，使得该方法在原位捕获目标物种基因表达信息的同时，也能够实现编码及非编码RNA的共捕获，满足临床病理样本、回顾性队列研究及珍贵存档组织的空间转录组解析等多种研究需求。
8、群体转录组测序（Bulk RNA-seq）： 群体转录组是研究特定组织、细胞群体或样本在特定状态下整体基因表达谱的核心技术。通过对数百万个细胞的混合RNA进行测序分析，群体转录组能够全面揭示生物学过程中的基因表达变化、信号通路调控及分子机制，是生命科学研究中最成熟、应用最广泛的高通量技术之一。平台开展的群体转录组测序服务均提供全流程样本及核酸双质检报告，确保数据可靠性。
9、核酸片段质控：核酸片段的质量控制是单细胞测序及各类多组学测序实验流程中的关键环节，直接影响下游建库成功率与数据质量。本平台配备Agilent 5200 Fragment Analyzer系统——一款基于平行毛细管电泳技术的高精度核酸分析平台，为DNA及RNA样本提供自动化、高分辨率、高灵敏度的片段大小测定、定量分析与完整性评估服务，确保从样本输入到文库构建的每一个环节均达到严格质控标准。
10、高通量二代测序（MGI-T7测序平台）：平台配置的高通量二代基因测序仪系统可以同时对数百万甚至数十亿个DNA片段进行测序，在24小时内产出数据量可高达几Tb，可以广泛适用于全基因组、转录组、单细胞转录组、单细胞表观组及时空组学测序等科研项目。
11、纳米孔三代测序：本平台搭建了以纳米孔测序为核心的技术平台，并构建了与之配套完善的核酸抽提纯化与质控体系。该体系全覆盖基因组（长片段核酸）与转录组两大维度。通过双维度的高标准质控，依托CycloneSEQ等测序系统，充分发挥三代测序超长读长、实时测序的技术优势，专注于高质量的上游数据产出。在测序交付环节可提供基因组、全长转录组测序数据，并同步完成碱基识别（Base calling）及数据质量统计等处理。超长读长有助于跨越高重复区域，为后续基因组组装和结构变异分析提供高质量的原始数据；全长转录组测序则可直接获取完整转录本序列，保留真实的转录本异构体信息。平台可根据项目需求调整测序通量与读长分布，支持从小型测试到大规模测序的不同实验设计，确保数据产出的稳定性与可重复性。
12、脑图谱定位的组织精确取样：平台依托丰富的脑组织定位取样经验与高精度冰冻切片技术，建立了从活体动物开始的全流程精准脑组织包埋、定位、切片、取样技术体系。基于标准脑图谱坐标，平台可对特定脑区（如皮层亚区、海马亚区、杏仁核、纹状体等）进行微米级精度的靶向取样，获取的组织样本兼容单细胞转录组、单细胞表观组及空间转录组等多组学分析，为神经科学研究提供精准的空间位置信息与高质量生物学样本。
13、平台公共服务：平台提供松江园区公共使用的纯水、超纯水、制冰机、洗衣机、烘干机以及灭菌设备等使用和维护服务。
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平台负责人：郑昌虹博士
邮箱：zhengchanghong@bsbii.cn
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光学成像展示平台旨在为上海及长三角地区脑科学研究网络的科研团队提供高质量的光学成像技术服务。平台秉承对外开放、合作共享的原则，打造专业化、国际化的服务平台，配备了激光共聚焦显微镜，双光子显微镜，研究级全玻片扫描系统，荧光显微镜/体视显微镜等显微成像设备。平台长期展示国内外业界显微成像公司前沿新款样机及最新成像技术，紧跟前沿成像领域，组织开展技术交流与研讨，探索新技术在脑科学及相关学科中的应用，不断培养提升平台技术支撑人才。
平台服务：
1、展示业界前沿新款样机及成像技术，促进技术交流与研讨
2、为用户提供成像方案咨询，指导选择合适的成像仪器
3、为用户提供仪器使用培训，协助参与相关课题及任务开展
4、为用户提供成像技术支持，标准操作流程与项目合作
成像设备：
1、Nikon AX R MP with NSPARC
2、Evident FVMPE-RS
3、Leica SP8 DIVE
4、Evident FV3000
5、Nikon A1
6、Evident Slideview VS200
7、Leica DMi8
8、Leica M205 FA
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平台负责人：谭莉老师
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